Bioinformaticus genoomdiagnostiek

Intro

Bestuur de data gedreven patiënten zorg

Wat ga je doen?

Als bioinformaticus ben jij het eerste aanspreek punt en verantwoordelijk voor de data verwerking van de genetische data die wordt ingezet voor de patiënten diagnostiek. Jij voert data analyse pipelines uit, zowel handmatig als geautomatiseerd, en zorgt voor tijdige rapportage aan lab specialisten en klinisch genetici. Daarnaast ben je verantwoordelijk voor de kwaliteit van de bioinformatica processen. Je ontwikkelt automatiseringsprocessen & data analyse pipelines en verzorgt de kwaliteitsborging middels documentatie, validatie, verificatie & standard operating procedures (SOP) volgens ISO 15189 en IEC-62304 norm.

Wat neem je mee?

• Je hebt een afgeronde opleiding in de bioinformatica, IT of life sciences 
• Je hebt kennis en ervaring met Python  
• Je bent bekend met kwaliteitssystemen en ISO normeringen 
• Je bent bereid te werken met Linux en High Performance Compute omgevingen 
• Je bent een behulpzame teamplayer en vindt patientendiagnostiek belangrijk 

Wat bieden we jou?

• Een jaarcontract met uitzicht op een vast contract.
• Inschaling in salarisschaal 9: € 3.655 tot € 5.010 bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring). Daarnaast ontvang je onder andere 8,3% eindejaarsuitkering en 8% vakantietoeslag. Bereken hier jouw netto salaris.
• Vakantie uren: 172 per jaar en mogelijkheid om uren bij te sparen.
• Pensioenopbouw bij het ABP, waarvan wij 70% van de premie betalen.
• Een flexibele indeling van je werkweek, waarin 4 x 9 uur werken en deels thuis werken, bespreekbaar zijn.
• Nu nog een (gedeeltelijke) vergoeding van je OV-reiskosten. Vanaf 1 oktober bij >7 km per enkele reis 100% OV-vergoeding en bij eigen vervoer €0,18 per km tot maximaal 40 km enkele reis.
• Kom je liever lopend of op de fiets? Maak gebruik van onze goede fietsregeling. En vanaf 1 oktober ontvang je een vergoeding à €0,18 per km.
• Gratis en onbeperkt toegang tot onze online leeromgeving GoodHabitz.
• Een actieve personeelsvereniging én Jong Amsterdam UMC vereniging, die beide leuke (sportieve) activiteiten en evenementen organiseren. 

Waar ga je werken?

Je komt te werken bij het laboratorium Genoom Analyse van de afdeling Humane Genetica. Binnen het laboratorium maak je onderdeel uit van het team bioinformatica. Het bioinformatica team ontvangt en verwerkt grote hoeveelheden Next Generation Sequencing data. De bulk van deze data bestaat uit short read sequencing data (Illumina NovaSeq en de NextSeq serie), maar ook uit long read sequencing data (Oxford Nanopore P2 solo, Pacific Biosciences Sequel IIe) en optical genome mapping data (Bionano Syphyr). Voor de verwerking van de data maken beschikken we over ons eigen High Performance Compute (HPC) cluster met 1500+ CPU / GPU cores. 

Het team bioinformatica vervult de brug functie tussen de life sciences en data sciences en bestaat momenteel uit een divers gezelschap van 6 werknemers die zowel ontwikkel als beheer werkzaamheden op zich nemen. Het team verzorgt de routine data verwerking voor diagnostiek & research en is verantwoordelijk voor de ontwikkeling & beheer van analyse pipelines, informatie systemen, HPC infrastructuur en data management. Het team maakt onderdeel uit van het diagnostisch lab en onderhoudt korte lijnen met analisten om de lab processen optimaal te kunnen ondersteunen. Tevens maakt het team onderdeel uit van de Core Facility Genomics waarin we de data processing, data management en HPC infrastructuur verzorgen voor de onderzoekers van het Amsterdam UMC en samenwerkingspartners.  

Heb je nog vragen? Voor inhoudelijke informatie kun je terecht bij Dr. Daoud Sie, Head of Bioinformatics via contactinformatie of d.sie@amsterdamumc.nl.  

Voor meer informatie over de sollicitatieprocedure kun je terecht bij Chella van Gelderen, Recruitment adviseur, via contactinformatie  of c.m.vangelderen@amsterdamumc.nl. 

Een referentiecheck en screening kunnen onderdeel zijn van de procedure. Kom je bij ons in dienst, dan vragen we voor een aantal functiegroepen standaard een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag). Lees hier wat dit inhoudt en of het voor jouw functie van toepassing is.

Interne kandidaten krijgen, bij gelijke geschiktheid, voorrang op externe kandidaten.

Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.